Efectivamente, como en cualquier otro sistema operativo las aplicaciones a veces dejan de responder en GNU/Linux, principalmente por fallos en la aplicación o en alguno de los componentes que utilice.
No es algo demasiado común, pero a veces no solo se cuelgan sin más, sino que lo hacen de tal forma que conseguir retomar el control del escritorio sin molestias puede requerir alguna pequeña triquiñuela. El objetivo de esta guía es que aprendamos a lidiar con estas situaciones para que no nos veamos obligados a reiniciar el sistema solo porque queramos librarnos de estas aplicaciones colgadas. Por ello, veremos hasta seis formas de hacerlo, tanto utilizando el entorno gráfico como la terminal.

El monitor de sistema de GNOME
Lo más parecido al gestor de tareas de Windows en GNOME es el monitor del sistema, que presenta los procesos de forma gráfica en un listado y permite cerrarlos haciendo clic derecho sobre ellos. Para lanzarlo, puedes utilizar el diálogo de ejecución pulsando Alt+F2 y allí escribir gnome-system-monitor.
Me consta que algunas distribuciones tienen asignada alguna combinación de teclado para que se abra el monitor del sistema, pero esto no es así en la mayoría, así que si quieres que se abra pulsando, por ejemplo, Control+Alt+Suprimir puedes hacerlo yendo a Sistema » Administración » Combinaciones de teclas.

El equivalente en KDE: Ksysguard
KDE también tiene su propio monitor del sistema, llamado Ksysguard. Puedes ejecutarlo pulsandoAlt+F2 y escribiendo ksysguard, o desde el menú Aplicaciones » Sistema » Ksysguard. También puedes obtener una versión reducida con la combinación de teclas Control+Escape.

Xkill: apunta y dispara

Este pequeño pero muy útil programa nos permite forzar el cierre de una aplicación señalándola con el cursor. Tras lanzarlo, este se transforma en una X y solo deberemos hacer clic sobre una ventana de dicha aplicación. Si nos arrepentimos, pulsando la tecla Escape el cursor vuelve a la normalidad.
Como las ocasiones anteriores, puedes ejecutar xkill asignándolo a una combinación de teclado o pulsando Alt+F2 y escribiendo xkill.

El comando killall
Nos pasamos ahora a la terminal. Normalmente la encontrarás en Aplicaciones » Accesorios » Terminal, o en el menú equivalente de vuestro escritorio. Si tienes problemas para abrir una terminal gráfica, también puedes salir del entorno gráfico momentáneamente con la combinación de teclasControl+Alt+F1. Podrás volver al entorno gráfico o rotar entre más consolas con la combinación de teclas Alt+Izquierda y Alt+derecha.
Killall nos permite enviar una señal de cierre (TERM) a una aplicación escribiendo el nombre del proceso. Si hay varios procesos con ese nombre, se la enviará a todos. Por ejemplo, para cargarse todos los firefox:

killall firefox

Si la aplicación está colgada, lo más probable es que no responda a la señal de cierre y para deshacerse definitivamente de ella tendrás que matarlos enviándoles una señal KILL:

killall -KILL firefox

Los comandos kill, pkill y pgrep
Muy en la línea de killall tenemos kill, que en lugar de recibir como parámetro el nombre del proceso, recibe el número de identificación del proceso (PID). Podemos obtener este PID de múltiples maneras, pero precisamente para ello tenemos pgrep, que nos muestra el PID de un proceso si le pasamos su nombre. Mezclando ambas aplicaciones tenemos pkill, que se encarga de buscar el PID y luego le envía la señal.

kill 15670
pkill firefox
kill $(pgrep firefox)

Como sé que al principio puede parecer un poco lioso, nada mejor que un ejemplo. Suponemos que tenemos un Firefox cuyo PID es 15670. En el primer ejemplo, le enviamos la señal de cierre mediante suPID, en el segundo mediante su nombre de proceso, y en el tercero usamos pgrep para obtener el PID y el resultado se lo pasamos a kill.
Pero entonces, ¿qué diferencia hay entre killall y pkill? Pues mientras que al primero tenemos que pasarle el nombre exacto del proceso, pkill (y también pgrep) pueden buscar utilizando expresiones regulares y pueden hacerlo además sobre la línea completa de ejecución, no solo sobre el nombre del proceso.

pkill '^f'
pgrep -f gvfs

Otros dos ejemplos: La primera de las dos órdenes envía una señal de cierre a todos los procesos que empiecen por «f», mientras que la segunda busca los PIDS de todos los procesos que en su línea de ejecución tengan la palabra gvfs.
Tal y como pasaba con killall, si la aplicación está colgada, seguramente no responderá a la señal de cierre y para deshacerse definitivamente de ella tendrás que matarla enviándole una señal KILL:

pkill -KILL firefox

Utilizando top o htop
Top es otra aplicación en línea de comandos que viene junto con todas las distribuciones de GNU/Linux. Su manejo es algo complicado, por lo que puede ser recomendable instalar y probar htop, que se parece bastante en concepto pero es mucho más sencillo y colorido.
Para cerrar un proceso en top debes pulsar la tecla «k» y escribir su PID, que puedes encontrar en la primera columna de la vista de la aplicación. Con htop es más sencillo, muy en la onda de los gestores gráficos: te posicionas en el proceso que deseas utilizando los cursores del teclado y pulsas F9.