En mi opinión el tamaño de los iconos en el menú de Aplicaciones de Gnome 3 es demasiado grande, si queremos reducirlo tenemos que editar directamente el archivo de configuración (que está escrito en CSS):

gksu gedit /usr/share/gnome-shell/theme/gnome-shell.css

Buscamos las lineas:

/* Apps */

.icon-grid {
spacing: 18px;
-shell-grid-item-size: 118px;
}

.icon-grid .overview-icon {
icon-size: 96px;
}

Y las reemplazamos con los valores deseados, en mi caso reduje el tamaño de iconos y la separación a la mitad:

/* Apps */

.icon-grid {
spacing: 18px;
-shell-grid-item-size: 59px;
}

.icon-grid .overview-icon {
icon-size: 48px;
}

Al terminar, debe quedarles algo como esto:

Enjoy !!!

Fuente: dmolinap.blogspot.com